Naime, uspostava upravljačke strukture jedan je od prvih koraka provedbe Plana, a tijelo upravljanja bit će Upravljačka komisija koja se sastoji od Upravnog odbora i Izvršnog odbora. Proces izbora kandidata za Izvršni odbor iz redova gradskih kotareva vrši Zavod za obnovu Dubrovnika kao glavni koordinator za provedbu Plana upravljanja u suradnji s Dubrovačkom razvojnom agencijom DURA.

Upravljačka komisija dužna je osigurati uvjete za očuvanje resursa baštine i za mogućnost služenja baštine javnom interesu, pri čemu ima mogućnost i obvezu savjetovanja sa stručnjacima za relevantna područja. Za svoj rad i sudjelovanje u radu Upravljačke komisije, članovi Upravnog odbora i Izvršnog odbora ne primaju naknadu.