Naime, on je u prosincu 1991. proglasio Republiku Srpsku Krajinu (RSK) i postao njen prvi predsjednik (do veljače 1992). Nakon toga prelazi na funkciju premijera u srpnju 1995., neposredno prije operacije Oluja kojom je RSK porušena, a teritorij oslobođen od strane Hrvatske vojske. 

Babić je označen kao sudionik zajedničkog zločinačkog poduhvata prema cilju etničkog čišćenja dijelova Hrvatske od nesrpskog stanovništva. Godine 2004. postaje prvi optuženi koji je pred Međunarodnim kaznenim sudom za bivšu Jugoslaviju (ICTY) priznao krivnju za progone, na što su ostale optužbe odbačene temeljem sporazuma s tužiteljstvom. Osuđen je na 13 godina zatvora, kazna je potvrđena u žalbenom postupku 2005. Zatražio je oprost od hrvatskog naroda, opisavši svoje postupke s dubokom sramotom i kajanjem, a taj momenat možete pogledati u videu. Također, bio je i ključni svjedok tužiteljstva na suđenju protiv Slobodana Miloševića.

Dana 5. ožujka 2006. Babić je pronađen mrtav u ćeliji Ujedinjenih naroda u Scheveningenu – vlastitim remenom sebi je oduzeo život. Istraga je službeno zaključila da se radilo o samoubojstvu.